▲发射平台方面：
 
两者都可以陆上重型车辆发射、发射井发射、水面舰艇发射、潜艇发射。但巡航导弹已有空射型，弹道导弹则无。
 
▲制导系统方面：
 
弹道导弹的制导方式有天文制导、惯性制导等，精度较差，有的误差甚至超过100米。 
 
而巡航导弹的制导方式较为丰富，有惯性制导、卫星定位制导、地形匹配制导、景象匹配制导、乘波制导等，精度较好，误差可以降到10米以内。

 
▲防御措施方面：
 
弹道导弹的弹道较高，容易被雷达发现，在发射后的爬升阶段速度不快，许多有反导能力的防空导弹都能在此阶段将其追上并击毁，固较容易拦截。但在下落阶段速度极快，故此阶段的拦截难度很大。
 
巡航导弹可以贴着地面或海面飞行，相比弹道导弹不容易被发现。但是速度较慢，较容易拦截，战斗机都可以将其追上并击毁。